背景調查的糾紛主要是由于候選人對背景調查的過程和結果不滿造成的各種勞動關系的糾紛，由于中國目前的法律沒有明確地對企業背景調查的權力和義務進行界定，不滿的候選人就很有可能訴諸于法律。這種情況違背了背景調查的初衷。
首先，獵頭要在背景調查前做好兩手準備：一方面，要獲得候選人/員工的理解和支持，把調查的目的、調查的內容、調查人員范圍都向被調查人做解釋說明，最好是在面試中就告知候選人，讓他們有思想準備，這樣后續的調查也能獲得他們的配合和支持。另一方面，要求候選人填寫背景調查信息表。在該表中，除了要求候選人提供各種需要調查的信息外，還應包括候選人親筆簽署的授權書和聲明書。授權書的大體內容是授權用人單位以及其第三方代表來調查表格中的各項信息，并免除因此產生的一切責任。
其次，在背景調查過程中要保持嚴謹和客觀的態度，妥善處理背景調查的負面結果。對于疑似負面的信息，要排除各種特殊情況，并多渠道求證，不能輕易地下結論，要相信大部分的員工都是誠實的，何況是過五關斬六將的候選人。但是一旦確定這些負面信息屬實則要如實反映給企業，不能為候選人打掩護，不然會得到更壞的后果。
由于很多候選人是騎驢找馬，所以可能尚未與目前的公司解除勞動關系。那在背景調查表的每段工作經歷后面，需要候選人注明“是否可以與該雇主聯系，如果現在不行，何時可以”。否則人力資源部冒失地打電話過去，會產生一些不必要的麻煩。
